Вагатозеро обладает рядом особенностей. В зимний период озеро покрывается льдом, а полыньи наблюдаются в районе истока Шуи. С приходом весны, а точнее апреле-мае, водоем освобождается от льда. Август - самый благоприятный для рыбалки летний месяц. В это время вода полностью прогревается. Верхние слои воды характеризуются температурой от 20 до 28 градусов, нижние - в районе 20 градусов. Цвет водной толщи имеет коричневатый оттенок.
Придонная поверхность состоит из песка и ила. Газовый состав представлен в подавляющем большинстве растворенным кислородом и совсем немного (около 2 мг/л) углекислоты.
Водная флора расположена в прибрежной части озера и состоит из традиционных для увлаженных почв видов: осоки, тростника, камыша и другой растительности. Бентос наиболее многочисленен в августе.
Если рассматривать животный мир Вагатозера, то он насчитывает 18 видов рыб.
Самыми популярными и многочисленными считаются плотва, лещ, окунь, язь, судак, ерш, налим и другие виды ихтиофануны. Малочисленной популяцией обладает голавль, обнаруженный только в 1995 году. В этой связи данный вид не рассматривается в качестве промысловой рыбы.
Высокие показатели демонстрирует рыбная ловля на леща в мае-июне, периоде размножения данных особей, а также рыб, нерест которых приходится на позднюю весну. Наибольшая уловистость характерна для плотвы. Она занимает большую половину рыбацкого трофея.
